Die beiden Freundinnen Mikan und Hotaru wachsen in einem kleinen Dorf auf. Als Hotaru plötzlich die Schule wechselt und nach Tokyo zieht, ist Mikan todunglücklich. Mikan beschließt, ihrer Freundin zu folgen! Doch da die Alice Academy, Hotarus neue Schule, eine Eliteschule für Kinder mit angeborenen außergewöhnlichen Begabungen ist, muss Mikan sich schon einiges einfallen lassen, um ihre Freundin wieder sehen zu können...